出品：NITROPLUS
企划+剧本+监督：虚渊玄
人设：矢野口君
音乐：ZIZZ
第一部
黑社会里接连发生了黑手党干部被暗杀的事件。在这背后流传着迷之组织「Inferno」和最强的杀手「Phantom」的传言……
一个人在美国旅行的少年（主角），在Phantom杀死调查她的记者的现场，偶然遇到了Phantom，发现她其实是个与自己岁数相差无几的少女。
之后，他被Inferno的科学家Scythe Master消除了记忆，并为了取回记忆而拜被称为Phantom的少女Ein为师成为杀手。
之后，他在某天通过了射杀一名SAT的考验后，正式成为了Inferno的杀手。
然后，主角得到了Zwei的代号，和Ein一起杀人。
大约过了半年左右，Zwei发现看似无感情的Ein其实是个把感情深埋在心底的人。
Ein接到了条指令后单独去执行任务了，而Zwei则担任Scythe的上司Claudia的警卫。
通过Claudia，Zwei取回了自己的记忆，记起了自己是日本的中学生吾妻玲二。此时Claudia要求主角以吾妻玲二的身份向她个人效忠。
因为记忆恢複而良心备受煎熬的玲二跑到了自己的杀手训练场所，在那里见到了身负重伤的Ein。
原来所谓的任务是Scythe让她背叛Inferno。
此时，玲二必须在三个选择中做出决断：
一：孤身一人逃回日本去
二：和Ein一起逃走
三：向Claudia效忠
选择一，主角逃回日本以后因为记忆错乱变成了精神病。
END
选择三
玲二为了证明自己对Claudia的忠诚，决定杀掉Scythe。
经过一番激战，玲二因为开枪击中了保护Scythe的Ein而得到了Claudia的信任，成为了最强的杀手Phantom。
一年后，身为Claudia情人的玲二为了她正在做暗杀日本黑帮的工作，却意外地再见到了Ein的身影。
在Claudia的房间中，玲二带着记录有Inferno机密的MO準备和Claudia一起叛逃，此时Ein挡在了他的身前。原来一切都是Inferno为了挖出内奸Claudia所设的圈套。
在宁静的月光下，玲二为了Claudia，射杀了Ein，看着她在自己的怀中气绝。
拿着MO的玲二，在经过激烈的汽车追逐战之后，终于逃到了安全的地方。
此时，Claudia却拿枪指着他说：「我要逃向的那个组织，要求你的尸体作为忠诚的证明。」
玲二必须在二个选择中做出决断：
·1：任Claudia开枪
·2：向Claudia开枪
·选择1：玲二在弥留之际对着泪流满面的Claudia说：「只要活下去，总有一天能取回失去的东西。我相信你能做到。」
END
·选择2：倒在玲二怀中死去的Claudia露出了幸福的微笑。
带回MO的玲二重新得到了Inferno的信任。
5年后，包括Scythe在内的Inferno干部一个接一个遭到暗杀，而下手的人是——玲二。
END
选择二：玲二决定带Ein逃走。
面对为自己的杀手身份而苦恼不堪的Ein，玲二为了她取了个新名字：Elen。
玲二和Elen为了逃走决定杀掉Scythe 。
正当玲二朝着Scythe开枪的时候，Elen冲上去为Scythe挡枪。
结果Scythe逃走，而玲二则回到Inferno成为Phantom。
第二部
一年后，玲二在任务中捡到一个少女Cal。
为了保护她，玲二谎称Cal是自己的徒弟。
在和Cal一起生活中，玲二意外地发现她有着非常优秀的杀手才能，而Cal也决定挺身保护玲二。
玲二在任务中意外地再次见到了Elen的身影。
在领悟到一切都是Inferno和Claudia的勾心斗角以后，玲二决定带着Cal逃走，却发现Cal所在的屋子已经被炸个粉碎。——分支
分支一：对一切绝望的玲二回到了当初遇见Elen的地方。
Elen出现，将玲二射杀。
临死前的玲二对Elen说道：「可怜的人。正因为你无法抹杀自己的感情，才会不得不如此地痛苦。」
END
分支二：因为Cal之死而怒不可遏的玲二沖向了Inferno干部们的所在地。
经过一阵乱斗之后，干部及保镖们被射杀。
身受重伤的玲二在弥留之际念到：「Cal，你在哪里啊？没有你的地方，原来是这么地寒冷。」
三天后，在爆炸时正好外出的Cal一直在废墟里等玲二回家。
当她在雨中终于明白玲二已经不可能再回家了时候，一边流着眼泪一边轻声说：「骗子。」
END
分支三：獃獃地站在一片废墟前的玲二準备自杀殉情。
此时正好遇到回家的Cal。
玲二决定一直为保护Cal而活下去。
END
分支四：玲二回到当初遇到Elen的地方。
在那里见到Elen的玲二被她所打动，两人一起逃亡。
第三部
两年后，玲二和Elen在日本的学校里过着普通学生的生活。
在玲二被一个叫藤枝美绪的少女告白当日，他遭到了狙击。
狙击他们的人是他们以为已经死亡的Cal。
Cal在那天以为玲二和Elen抛下自己独自逃走，在对一切的绝望中加入了Inferno代号为Drei，成为了第三代Phantom。
在领悟到无路可逃之后，Elen决定瞒着玲二独自和Drei决斗。
而玲二则试图阻止此事。
分支一：
玲二不顾决斗中的二人，转去救被绑为人质的美绪。
美绪终于认识到玲二和自己是不同世界的人，但依然深爱玲二。
玲二和美绪告别，离开日本。
几年后，玲二再次回到日本，与美绪相见。
美绪END
分支二：
Elen和Drei展开决斗。
玲二乱入，并企图射杀Elen。
Drei终于明白玲二没有背叛自己。
此时Scythe率领六个少女杀手Vier、Fünf、Sechs、Seiben、Acht 、Neun杀到，Elen为了掩护两人逃走而牺牲了自己。
而玲二和Drei则一起过上了杀手生涯。
Drei END
分支三：
Elen和Drei展开决斗。
玲二乱入，杀死了Drei。
玲二和Elen一起把之后杀到的Scythe和六个少女杀手Vier、Fünf、Sechs、Seiben、Acht、Neun杀掉后，离开了日本。
玲二和Elen到达了Elen的故乡。
Elen在自己出生的土地上，终于发自内心地露出了笑容。
Elen END
分支四
Drei杀死了乱入的玲二。
内心感情完全崩溃的她疯狂地杀死了之后杀到的Scythe和六个少女杀手Vier、Fünf、Sechs、Seiben、Acht、Neun。
几年后，不停杀人的Drei在某个海岸被为玲二报仇的Elen暗杀。
面对带着微笑死去的Drei，Elen仰天大叫：「玲二，我今后该为了什么而活啊！？」
虚渊玄说这是真END的END
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