日本。 
旗谷学园,冒险察地底。 
一名青年爬下通往地底的梯子,沿着狭窄的通道走进巨大洞窟。 
「世界的真理……如果是通往旧世界之路,就有可能在尽头找到世界的真理……但没想到那条路竟然就在母校内。」 
那名青年自言自语,当场画出阴阳太极图,用手结印。 
「开启吧,异界之门……以我身上神圣皇帝的一滴血脉,揭示命运与真理之路……」 
青年一边灌注言灵,一边展开术式。 
……忽然间,描绘在地面的阴阳太极图扭曲变形,显现某种影像。 
「……人工……卫星?」 
背对地球飘浮在宇宙空间,融合魔导与科学而诞生的人工卫星·魔导书之中的『神秘哲学』——感觉彷彿被那架人工卫星吸进去的同时,显现的影像变化为地球的地底景象。 
「这是什么……?电脑……机房、吗?不对,有刻着卢恩文的器材,不是普通电脑,而是魔导机械吗……当作核心的是……什么?是卵……?」 
简直就像是受到引诱般,青年的手很自然地伸向影像中的卵。 
宛如上色失败的复活节彩蛋,颜色诡谲混杂的那颗卵。 
照理说应该只是遥远某处的光景才对。 
但在『物理接触』它的瞬间…… 
「!?」 
卵出现裂痕,在比漆黑更加幽暗的裂痕深处…… 
……某人扬嘴一笑。 
那是彷彿连背脊深处都会冻结、冰冷至极的浅笑。 
接着,灵魂被一把抓住的感觉,让青年察觉到『糟了!』,晓悟自己碰了不该碰的东西。然而为时已晚,灵魂被拔掉的感觉让青年绝望。 
然后…… 
在即将被拖进绝望深渊的青年面前,突然出现『某样东西』。 
『某样东西』是…… 
《呼咦咦!?这里是哪里呀!?》 
《鸣姊姊,居然呼咦咦……地尖叫。》 
《现在不是在意那种事的时候吧!?》 
是被Sacrament她们无预警地送进陌生空间,惊慌失措的鸣、胡桃子与琉璃。 
《座标确认。这里是日本旗谷学园冒险察地底……侦测到异常,内建时钟回溯到最终记录往前五年的状态。》 
另一个……俨然如人形机器人的琉璃,和先前的琉璃并排飘浮在空中,和她们一起出现的飒太瞠大眼睛。 
《有两个琉璃!?》 
《输出Y(是的)。人格代码:R0与R1,俗称:人类的我与人形机器人的我。现在包含飒太先生在内,我们六人与肉体分离,转化为没有实体的灵体状态。》 
《灵体!?》 
在惊讶的飒太背后,有名少女看到眼前的光景,比在场所有人都更加惊讶。 
《哥……哥……哥……哥哥!?》 
看到现在即将被抽掉灵魂的青年——圣帝小路隆守,他的妹妹美森为之惊愕。 
听到美森的叫喊,飒太也大吃一惊。 
《圣帝小路隆守吗!?》 
本来身为血肉之躯的人类应该看不见、听不到才对。 
然而,倒抽一口气抬头仰望的隆守的精神,确实捕捉到那些灵体的话语、以及身影。 
「你是……美森!?」 
没错。 
隆守知觉到比自己所知还要成熟的妹妹。 
但这时他无法有更进一步的作为。 
因为隆守的精神,在机房那颗卵——位于布列德费尔德公国地底、用来控制魔导书的『暗黑的梦之卵』的力量作用下,与肉体分离了。 
隆守失去意识的瞬间。 
飒太等人也同样当场消失。 
《这次是哪里呀!?》 
然后,再度被丢到陌生场所的飒太等人之中,鸣率先提高嗓门大叫。 
那里是伫立在恬静欧洲田园风景之中的郊外教会前。 
《确认地形资料模组……是布列德费尔德公国西南方的米尔特村。》 
人形机器人琉璃一冷静告知解析结果,鸣立刻瞠大眼睛。 
《哎呀,是我出生的故乡呀!》 
结果根本就不是陌生场所。 
不仅如此,还是相当熟悉的场所。 
《……你们那是什么眼神呀?》 
《不,没事……》 
那是不明白鸣为什么会变得如此废柴的眼神,但众人似乎决定不要继续追究。 
《重点是刚才的哥哥是!?琉璃君说了五年前对吧……难道那是哥哥临死之际发生的事情吗!?那究竟是怎么回事!?应该说,我们现在是什么状况!?》 
《那是……》 
就在这时…… 
在人形机器人琉璃开口以前,教会里面传出猛烈的爆炸声。 
《!?发生什么事!?》 
《……现在内藏时钟回溯到从刚才再往前十二年的状态,根据资料显示,十二年前在米尔特村发生炸弹攻击事件,目标是布列德费尔德公国埃里亚王太子。》