【前情提要】

伊甸、恩宠大地、犹大环。由高度三千公尺，往东西无限延展的「伊甸峭壁」及「犹大环断崖」分成的三个世界。

「去找出Vivi Lane吧」。某一天，从天上坠落的奇异少女希尔菲将这个心愿託付给贫民窟的少年后，便在寒冬的路上断了气。为了实现宝贝乾妹妹的心愿，十二岁的少年只身展开旅程。这正是日后掀起史上最大战争「恩宠大地大战」的「灾厄魔王」卢卡•巴路克启程之日。

拯救加门帝亚王国公主法妮雅逃离险境，成为第七次堤拉诺勒战役的致胜关键，平息要塞都市的暴动，去到神圣黎维诺瓦帝国后更在德尔•多勒姆战役中奇蹟般获胜等等……卢卡的名字逐渐成为民众心中的「救国英雄」。加上被称为「战场天使」的人造人雅思缇•艾尔哈特也随侍在侧，发挥她杰出的战斗能力支撑着卢卡。

饥饿的民众高揭卢卡为标竿向王侯贵族起义，而卢卡也击败帝国所派来多达十倍的军队，成功攻下加门帝亚王国首都拉兰帝亚。在王族纷纷逃亡之中，唯独公主法妮雅一人选择留在王宫，向只身前来的卢卡说「用我的死完成革命吧」。放弃用言语说服的卢卡使硬逼近法妮雅并互许终身，飞行战舰巴巴罗萨却随即出现在宫廷上空，法妮雅也因此被「褐色皇帝」杰弥尼掳走。

宣告废止王政，成为新国家「卢那•席耶拉共和国」第一执政的卢卡为了夺回法妮雅，展开对其他国家的侵略。陆续击败东西方的敌人后，终于率领五十五万大军进攻神圣黎维诺瓦帝国领地。然而第二执政卡谬却将作战计画告诉情人爱洛伊莎，导致率领第三军的梅比尔遭守株待兔的杰弥尼杀害，迫使卢卡不得不撤退。

在共和国内掌握实权的内国军长官马希连试图以国家反叛罪弹劾并处决卢卡。结果雅思缇靠着暴风和强光吹飞马希连率领的中队，亲手结束自己七年的寿命后消灭。「我们还能相见！！」「我是，Vivi Lane！！」「去找出Vivi Lane……！！」……在马希连穷追之下，卢卡被逼到犹大环断崖边，和弭兹奇一同往崖下跳。

另一方面，搭乘在撤退的共和国军正上空的飞行战舰巴巴罗萨内的法妮雅则见证了Vivi Lane甦醒……

被翼龙巴斯希跋救的卢卡和弭兹奇谒见了犹大环皇帝希尔德迦达，被安排搭乘炽天使级机兵路西法。然而路西法却失控，展开了被封印着的飞行组件，朝恩宠大地翱翔。

飞行战舰巴巴罗萨在路西法的猛攻下陷入混乱。Vivi和法妮雅趁隙启动了机库的米迦勒，顺利跟路西法一同脱出。从米迦勒口中得知World Trigger真相的卢卡、弭兹奇、Vivi和法妮雅四人商量起该不该启动，但卢卡和法妮雅意见相左，最终在Vivi的意思下决定启动World Trigger。

无法接受启动的法妮雅则决定去找杰弥尼，说服他号召全恩宠大地合作对抗伊甸。

「你所破坏的这个世界，就由我来重新修复。」对卢卡这么说完，法妮雅和弭兹奇启程往皇都帕葛洛奇昂而去。卢卡和Vivi则留在溪谷的藏身据点，静待伊甸飞行舰队出击……